Lynn Margulis (nacida Lynn Petra Alexander; 5 de marzo de 1938 - 22 de noviembre de 2011) fue una bióloga estadounidense más conocida por su teoría científica sobre el origen de las células complejas, denominada simbiogénesis. Se licenció en la Universidad de Chicago a los 19 años y se casó con Carl Sagan, entonces estudiante de Física. Se licenció en genética y zoología por la Universidad de Chicago a los 22 años. Mientras se doctoraba en la Universidad de California, Berkeley, consiguió un puesto de profesora en la Universidad Brandeis, donde trabajó entre 1964 y 1966. Se doctoró en 1965. Se incorporó al cuerpo docente de la Universidad de Boston en 1966. En 1988 fue nombrada Profesora Distinguida de Botánica y en 1997 Profesora Distinguida de Geociencias en la Universidad de Massachusetts en Amherst.
Margulis concibió su teoría sobre la endosimbiosis cuando era profesora en la Universidad de Boston. Su publicación de referencia, "On the Origin of Mitosing Cells", vio la luz en 1967, tras ser rechazada por una quincena de revistas. Ignorada durante una década, su teoría de que orgánulos celulares como las mitocondrias y los cloroplastos fueron en su día bacterias independientes fue ampliamente aceptada tras ser corroborada por pruebas genéticas. Amplió su idea de que la simbiosis es una de las principales fuerzas motrices de la evolución. Su teoría también la convirtió en defensora de la hipótesis Gaia, basada en una idea desarrollada por el científico medioambiental inglés James Lovelock. También fue la principal defensora de la clasificación en cinco reinos de Robert Whittaker.
Margulis, tildada en diversas ocasiones de "madre de la tierra rebelde de la ciencia", "hereje reivindicada" o "rebelde" científica, criticó duramente la teoría de la selección gradual de Charles Darwin y la teoría evolutiva moderna. Declaró explícitamente que era darwinista, pero no neodarwinista, una postura que desencadenó un debate de por vida con destacados biólogos darwinistas, entre ellos Richard Dawkins, George C. Williams y John Maynard Smith.
Margulis fue miembro de la Academia Nacional de Ciencias de EE.UU. desde 1983. Por sus innovaciones científicas, el Presidente Bill Clinton le concedió la Medalla Nacional de la Ciencia en 1999. La Sociedad Linneana de Londres le concedió la Medalla Darwin-Wallace en 2008.
