Stuart Alan Kauffman (nacido el 28 de septiembre de 1939) es un médico, biólogo teórico e investigador de sistemas complejos estadounidense que estudia el origen de la vida en la Tierra.
En 1967 y 1969, Kauffman propuso aplicar modelos de redes booleanas aleatorias a circuitos genéticos simplificados. Se trataba de los primeros modelos de grandes redes de regulación genética, que proponían que los tipos celulares son atractores dinámicos de dichas redes y que los pasos de diferenciación celular son transiciones entre atractores. Pruebas recientes sugieren que los tipos celulares humanos y de otros organismos son, en efecto, atractores. En 1971 sugirió que el cigoto podría no tener acceso a todos los atractores de tipos celulares del repertorio de la dinámica de la red genética, por lo que algunos de los tipos celulares no utilizados podrían ser cánceres. Esto sugería la posibilidad de una "terapia de diferenciación del cáncer", de la que ahora se acumulan algunas pruebas.
En 1971, Kauffman propuso la aparición autoorganizada de conjuntos autocatalíticos colectivos de polímeros, concretamente péptidos, como origen de la reproducción molecular. Ahora se han creado experimentalmente conjuntos autocatalíticos colectivos de péptidos, ADN y ARN. Se le conoce sobre todo por defender que la complejidad de los sistemas y organismos biológicos puede deberse tanto a la autoorganización y a una dinámica alejada del equilibrio como a la selección natural darwiniana. Sus hipótesis de que los tipos de células son atractores de esas redes y de que las redes de regulación genética son "críticas" han encontrado apoyo experimental. Ahora parece que el cerebro también es dinámicamente crítico.
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